Als die Crew der Bottany Bay vernichtet werden soll, um etwaigen Fehlern in der Zukunft auszuweichen, rettet Commander Counter die Krypto-Zelle des gefürchteten John Harrison.
Nach einem Jahr dient Commander Harrison auf der Enterprise, und jeder macht sich Sorgen. Ist er ein Verräter, der nur wieder versucht, die Kontrolle an sich zu reißen und die Sternenflotte zu vernichten?
Doch es ergeben sich andere Probleme: Nachdem ein Außentrupp der Enterprise, unter ihnen Commander Counter und Commander Harrison, verschwunden ist wurde die Sternenflotte infiltriert. Von wem oder was, weiß einer. Und nur Jean scheint die Wahrheit zu erkennen, doch ohne Counters Hilfe scheint es, wie ein Kampf gegen Windmühlen.